Nos casos em que se constatar que o custo de uma cobrança é superior ao valor do ressarcimento devido por um agente público, em razão de irregularidade praticada, o TCU poderá cancelar o débito, mas o respectivo processo não poderá ser arquivado.

A fiscalização do TCU não se limita à realização da despesa; compreende também a arrecadação da receita e as próprias renúncias de receitas, inclusive a verificação do real benefício socioeconômico dessas renúncias.

O conceito de irregularidade, na acepção da Lei Orgânica do TCU, é mais abrangente do que a existência de dano provocado por desfalque ou desvio de valores públicos, ou a prática de atos ilegais ou a mera omissão no dever de prestar contas. Atualmente, para julgar irregulares as contas, é suficiente a comprovação de dano provocado por ato antieconômico ou de prática de ato de gestão qualificado como antieconômico.

Uma decisão do TCU, em processo de tomada ou prestação de contas, só será considerada terminativa quando, transcorridos cinco anos do seu arquivamento, não for possível comprovar os fatos que tenham sobrestado o seu julgamento, por indícios de irregularidades.

Na hipótese de desvio de aplicações em curso, as tomadas de contas especiais serão encaminhadas imediatamente ao TCU, independentemente do valor do dano que já tiver sido causado ao erário.

A jurisdição do TCU se estende aos sucessores dos responsáveis pela aplicação de recursos repassados pela União aos demais entes, até o limite do valor do patrimônio transferido.

O TCU é responsável pela fiscalização do cumprimento da obrigatoriedade de encaminhamento e consolidação das contas de todas as esferas da Federação.

Cabe ao STF processar e julgar, originariamente, os conflitos de competência entre o STJ e quaisquer tribunais, inclusive os conflitos resultantes de recomendações e decisões do TCU.

Cabe ao STJ processar e julgar, originariamente, nos crimes comuns — aí compreendidos os crimes de responsabilidade —, os membros do TCU.

No âmbito federal, o parecer sobre as contas do TCU é de responsabilidade da Comissão Mista de Planos, Orçamentos Públicos e Fiscalização, do Congresso Nacional.