A diferença entre o certificado de regularidade com ressalvas e o de irregularidade, no setor público, a exemplo do que ocorre no setor privado, entre pareceres com ressalva e adverso, depende não só da natureza, mas também da materialidade das circunstâncias. É o caso, por exemplo, de registros e demonstrações contábeis inadequados ou incorretos.

Segundo as normas aplicáveis à auditoria independente, emite-se o parecer sem ressalva mesmo no caso de alterações na observância dos Princípios Fundamentais de Contabilidade e nas Normas Brasileiras de Contabilidade e, no que for pertinente, na legislação específica, desde que avaliados e aceitos seus efeitos e devidamente revelados nas demonstrações contábeis.

O parecer de auditoria só pode ser assinado por profissional habilitado, com registro no Conselho Regional de Contabilidade. No setor público, entretanto, a responsabilidade do servidor incumbido das funções de auditoria contábil se restringe aos códigos aplicáveis ao cargo que exerce e à carreira a que pertence, em caráter permanente ou temporário.

Quando, na auditoria de um órgão ou entidade estatal, os elementos comprobatórios disponíveis não forem considerados suficientes e adequados para a manifestação do sistema de controle interno sobre as contas do auditado, será emitido um certificado com abstenção de opinião. Se o auditado sanar as deficiências, requererá a expedição de um certificado definitivo.

O exame dos controles internos permite avaliar os riscos associados aos registros contábeis e respectivas demonstrações e, conseqüentemente, determinar os procedimentos a serem adotados. Quanto menor a probabilidade de erros, maior será a quantidade de evidências necessárias e a extensão dos testes a serem realizados.

Entre as falhas mais comuns referentes aos papéis de trabalho menciona-se deixar de descrever a fórmula adotada para encontrar o valor a partir do qual as operações são consideradas relevantes.

Uma recomendação que os auditores que avaliam os controles internos costumam formular em relação aos servidores que manuseiam e custodiam valores refere-se à conveniência de os mesmos poderem converter as férias em dinheiro e evitarem o rodízio de funções com servidores de outras áreas.

Um aspecto que demonstra importância fundamental dos papéis de trabalho no setor público é que eles devem evidenciar que a atividade de controle foi executada de acordo com as normas aplicáveis.

A inspeção física de determinados tipos de equipamentos, sobretudo quanto às suas condições de utilização e funcionamento, pode depender de conhecimentos especializados, para os quais os auditores disponíveis não estão preparados. Nesses casos, os auditores designados devem determinar ao órgão sob exame que contrate profissionais especializados, que fornecerão, por meio do contratante, os laudos exigidos pelos auditores.

Se, durante o exame de tomada de contas de um órgão da administração, o auditor cotejar os dados do SIAFI, relativos a um repasse à conta de convênio para aquisição de bens produzidos por uma estatal, com as vendas efetuadas por essa estatal ao órgão auditado, o auditor estará correlacionando as informações obtidas de fontes distintas, independentes, no âmbito do próprio ente auditado.