O monitoramento do processo de manipulação de formas farmacêuticas para uso interno de antiibióticos, hormônios e citostáticos deve ser executada pela farmácia através de uma análise completa de uma formulação manipulada a cada três meses.

A manipulação de medicamentos de baixo índice terapêutico deve ser realizada através do processo de diluição e homogeneização do ativo, por meio da metodologia de diluição geométrica, para evitar problemas na uniformidade do teor.

A atividade de antibióticos pode ser avaliada através do seu efeito inibitório sobre o crescimento bacteriano, e um dos métodos mais comumente utilizados é o de difusão em ágar, que relaciona o tamanho da zona de inibição de crescimento com a dose da substância analisada.

A manipulação magistral de medicamentos contendo citostáticos deve ser realizada em salas dedicadas exclusivamente a esse fim, dotadas de antecâmara, com sistemas de ar independentes e de eficiência comprovada.

Os excipientes utilizados na manipulação de produtos contendo substâncias de baixo índice terapêutico devem ser padronizados de acordo com a compatibilidade das formulações, descrita em compêndios oficiais, farmacopeias e publicações científicas indexadas.

A autoinspeção deve ser realizada a cada dois anos, pela farmácia magistral, para a avaliação do cumprimento das Boas Práticas de Manipulação em Farmácias, e suas conclusões devem servir de base para a implementação de ações corretivas, quando necessário.

As formas farmacêuticas sólidas manipuladas devem ser analisadas quanto à sua qualidade, através da realização dos ensaios: descrição, aspecto, caracteres organolépticos e peso médio.

A água potável utilizada pelas farmácias magistrais, para produção da água purificada, objetivando a manipulação de medicamentos, deve contemplar os ensaios microbiológicos de contagem total de bactérias, de coliformes totais, de coliformes termorresistentes e da presença de Escherichia coli.

As matérias-primas vegetais, utilizadas na manipulação magistral, devem ser avaliadas em relação à caracteres organolépticos, à pesquisa de materiais estranhos, à umidade e cinzas totais, sendo que, nesse caso, não é necessária a pesquisa de contaminação microbiológica.

Uma alternativa para a farmácia magistral, na manipulação de cápsulas que contenham ativos sensíveis a meio ácido, é a utilização de ativos com revestimento gastrorresistentes.