Prova Completa: Químico - Proteínas e Síntese de Peptídeos (UFRJ

Após a clonagem e a inserção do plasmídeo, codificando para a enzima hexoquinase humana, bactérias E. coli foram induzidas a expressar essa proteína em abundância através da indução do promotor do plasmídeo. Depois de obtido o lisado bacteriano, várias etapas de purificação foram seguidas e o produto final foi fervido e aplicado em dois géis de SDS-PAGE. Um gel foi corado com coomassie blue, enquanto o outro foi usado para detecção da amostra por western blot. Assinale a afirmativa correta.

A

A pureza da amostra não pode ser determinada por western blot mesmo que apareça uma única banda e o anticorpo primário utilizado seja mono clonal contra hexoquinase humana.

B

A pureza da amostra pode ser garantida se uma única banda for detectada por western blot.

C

A identidade da amostra poderá ser detectada por western blot utilizando-se anticorpo primário policlonal contra hexoquinases.

D

A identidade da amostra poderá ser detectada pela presença de uma única banda no gel, corada por coomassie blue.

E

A pureza e a identidade da amostra podem ser garantidas se uma única banda for detectada por SDS-PAGE.

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927685 Ano: 2016
Disciplina: Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Química AnalíticaCromatografia

Na reação ilustrada a seguir, o fenilisotiocianato reage com uma amina livre do N-terminal de um peptídeo formando um derivado feniltiocarbamoil cíclico. Sob condições levemente ácidas e calor, este derivado é clivado em um derivado tiazolinona. A fenilhidantoína aminoácido (PTH-R) pode ser analisada por cromatografia ou eletroforese.

De acordo com tais informações, essa série de reações é muito útil, pois:

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905821 Ano: 2016
Disciplina: Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Bioquímica

O peptídeo sintético LK contém 9 resíduos de leucina (L) e 9 resíduos de lisina (K) com 3,6 resíduos de periodicidade. Este peptídeo forma uma alfa-hélice e interage com bicamada lipídica (membrana) na sua forma monomérica.

+H3N-LKKLLKKLKKLLKKLLKL-COO-

Na representação da hélice LK a seguir, os números indicam a posição de cada resíduo na sequência.

Com base nessas informações, assinale a alternativa que melhor representa suas propriedades e explica sua interação com as membranas.

A

O peptídeo LK é anfipático; ele interage paralelamente à superfície da membrana, com as leucinas (L) faceando as membranas e as lisinas (K) expostas para o solvente.

B

O peptídeo LK é anfipático; ele interage paralelamente à superfície da membrana, com as lisinas (K) faceando as membranas e as leucinas (L) expostas para o solvente.

C

O peptídeo LK é solúvel em água e não interage com membranas.

D

O peptídeo LK é anfipático; ele interage perpendicularmente à superfície da membrana.

E

O peptídeo LK é hidrofóbico; ele interage perpendicularmente à superfície da membrana.

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905807 Ano: 2016
Disciplina: Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Bioquímica

O trabalho clássico de Christian Anfinsen, nos anos de 1950, revelou a relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína e sua

conformação. Como modelo de estudo, Anfinsen utilizou a enzima ribonuclease bovina. Essa proteína é constituída por 124 resíduos de aminoácidos, possui estrutura secundária formada por alfa hélices e folhas beta e é estabilizada por 4 pontes dissulfeto. Nesse contexto, é correto afirmar que:

A

pontes dissulfeto são ligações covalentes realizadas por duas cadeias laterais de metionina e podem ser quebradas por agentes desnaturantes, como a ureia.

B

a alfa hélice é uma forma de estrutura secundária de proteínas caracterizada por apresentar as cadeias laterais dos aminoácidos voltadas para fora da hélice.

C

folha beta é um tipo de estrutura secundária de proteínas, na qual as principais interações que a mantém estável são interações entre as cadeias laterais dos aminoácidos.

D

aminoácidos que participam de uma formação de alfa hélice não são capazes de interagir com aminoácidos que participam da formação de folha beta na ribonuclease.

E

proteínas pequenas, como a ribonuclease, não são capazes de se re-enovelar sozinha em um tubo de ensaio.

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895488 Ano: 2016
Disciplina: Engenharia Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Métodos InstrumentaisEspectroscopia de RMN

ressonância magnética nuclear é um método de determinação da estrutura de proteínas em solução, enquanto a cristalografia de raios X permite a determinação da estrutura em fase sólida (cristal). Os dois métodos são muito importantes e mais de 95 % do “protein data bank” (PDB) são depósitos resolvidos por um dos dois métodos. A partir desse contexto, é correto afirmar que:

A

as estruturas resolvidas por cristalografia de raios X têm geometria molecular equivalente às estruturas em solução. As estruturas por cristalografia de raios X representam cerca de 80%, e as de RMN, aproximadamente 15%. As estruturas cristalográficas são mais rígidas, enquanto as estruturas por RMN representam melhor a dinâmica em solução. Enquanto as estruturas cristalográficas são depositadas como um único modelo, as de RMN são depositadas como uma sobreposição dos modelos de menor energia, ressaltando a diferenciação entre as regiões rígidas e flexíveis da molécula.

B

as estruturas resolvidas por cristalografia de raios X têm melhor geometria molecular do que as estruturas em solução. As estruturas por cristalografia de raios X representam cerca de 15%, e as de RMN, aproximadamente 80%. As estruturas cristalográficas são mais rígidas, enquanto as estruturas por RMN representam melhor a dinâmica em solução. Enquanto as estruturas cristalográficas são depositadas como um único modelo, as de RMN são depositadas como uma sobreposição dos modelos de menor energia, ressaltando a diferenciação entre as regiões rígidas e flexíveis da molécula.

C

as estruturas resolvidas por cristalografia de raios X têm melhor geometria molecular do que as estruturas em solução. As estruturas por cristalografia de raios X representam cerca de 80%, e as de RMN, aproximadamente 15%. As estruturas cristalográficas são mais rígidas, enquanto as estruturas por RMN representam melhor a dinâmica em solução. Tanto as estruturas cristalográficas quanto as de RMN são depositadas como uma sobreposição dos modelos de menor energia, ressaltando a diferenciação entre as regiões rígidas e flexíveis da molécula resolvidas pelos dois métodos.

D

as estruturas resolvidas por cristalografia de raios X têm melhor geometria molecular do que as estruturas em solução. As estruturas por cristalografia de raios X representam cerca de 80%, e as de RMN, aproximadamente 15%. As estruturas cristalográficas são mais rígidas, enquanto as estruturas por RMN representam melhor a dinâmica em solução. Enquanto as estruturas cristalográficas são depositadas como um único modelo, as de RMN são depositadas como uma sobreposição dos modelos de menor energia, ressaltando a diferenciação entre as regiões rígidas e flexíveis da molécula.

E

as estruturas resolvidas por cristalografia de raios X têm melhor geometria molecular do que as estruturas em solução. As estruturas por cristalografia de raios X representam cerca de 80%, e as de RMN, aproximadamente 15%. As estruturas cristalográficas são mais rígidas, enquanto as estruturas por RMN representam melhor a dinâmica em solução. Tanto as estruturas cristalográficas quanto as de RMN são depositadas como um único modelo. A dinâmica do sistema não pode ser aferida pela estrutura ou por nenhum parâmetro estrutural.

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890686 Ano: 2016
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Um técnico em química de proteínas recebe, em seu laboratório, um plasmídeo contendo a sequência de nucleotídeos, que codificam para a proteína transcetolase com a mutação H30A. Junto com o plasmídeo, ele recebe também o mapa do plasmídeo com as informações onde o gene foi inserido. Assinale a alternativa que apresenta a melhor estratégia a ser adotada para garantir que o plasmídeo recebido esteja correto.

A

O plasmídeo deve ser sequenciado e a sequência obtida deve ser depositada no pFAM para verificar se a proteína pertence à família das trascetolases.

B

A sequência da transcetolase deve ser extraída do NCBI e colocada no pFAM para verificar se a proteína pertence à família das trascetolases.

C

A família das transcetolases deve ser encontrada no pFAM e a sequência encontrada deve ser usada para fazer um blast no NCBI.

D

O plasmídeo deve ser sequenciado e a sequência obtida deve ser comparada com a sequência depositada no NCBI.

E

A sequência da transcetolase deve ser extraída do NCBI e a sequência encontrada deve ser usada para fazer um blast.

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880337 Ano: 2016
Disciplina: Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Bioquímica

Assinale a opção que apresenta a K_cat de uma enzima, que se encontra numa concentração de 1nM, tem uma K_m de 20μM e uma V_m de 10 mmol/ Lsec, medida com uma concentração de substrato de 20μM.

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879723 Ano: 2016
Disciplina: Engenharia Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Métodos InstrumentaisEspectroscopia de RMN

A ressonância magnética nuclear (RMN) é um importante método para determinação da estrutura e dinâmica de proteínas. Nesse contexto, assinale a alternativa correta.

A

O método faz uso do spin nuclear, que se orienta quando na presença de um campo magnético externo (Bo). Radiações eletromagnéticas na faixa de radiofrequência, aplicadas perpendicularmente a Bo, são utilizadas para perturbar essa polarização.

B

O método faz uso do spin nuclear, que se orienta quando na presença de um campo magnético externo (Bo). Radiações eletromagnéticas na faixa de radiofrequência, aplicadas em qualquer orientação em relação ao Bo, são utilizadas para perturbar essa polarização.

C

Os spins orientam-se mesmo na ausência de um campo magnético.

D

O método faz uso do spin nuclear, que se orienta quando na presença de um campo magnético externo (Bo). Radiações eletromagnéticas na faixa de micro-ondas, aplicadas perpendicularmente a Bo, são utilizadas para perturbar essa polarização.

E

O método faz uso do spin nuclear, que se orienta quando na presença de um campo magnético externo (Bo). Radiações eletromagnéticas na faixa de micro-ondas, aplicadas em qualquer orientação em relação ao Bo, são utilizadas para perturbar essa polarização.

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876576 Ano: 2016
Disciplina: Química
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Química InorgânicaReações InorgânicasSoluções de Eletrólitos

No sangue de um paciente estabilizado (pH = 7,40), são medidas as concentrações de ácido láctico total (ácido láctico e lactato) e de amônia total (NH₄ + e NH₃). Sabendo que o pKa do ácido láctico é 3,9 e o do NH₄ + é 8,9, assinale a alternativa que corresponde às características das moléculas que predominam no sangue.