A independência das agendas reguladoras e mitigada pelo controle de juridicidade prévio exercido pelas suas procuradorias, que são vinculadas a Advocacia-Geral da União; pela possibilidade de reexame “a posteriori" de seus atos pelo Poder Judiciário; pela vinculação de seu poder normativo a lei; e, pelo controle financeiro realizado pelo Tribunal de Contas;

A autonomia financeira e administrativa das agendas se caracterizam pela liberdade de gestão, sendo-lhes permitido arrecadar receitas próprias e organizar suas despesas, sem ingerência dos Poderes Executivo ou Legislativo nos aspectos financeiros e contábeis das despesas relativas as atividades meio e fim;

O sistema constitucional brasileiro não adota o princípio da deslegalização. Nesse sentido, o Supremo Tribunal Federal declarou inconstitucional o poder normativo delegado as Agências reguladoras, impedindo-as de editar atos que normatizem obrigações a serem observadas pelos entes que compõem o mercado regulado;

No plano Federal as agendas reguladoras estão previstas no texto constitucional e foram constituídas como autarquias, integrantes da administração direta, vinculadas a Presidência da República, com subordinação hierárquica entre elas e o Ministério competente para tratar da respectiva atividade.