Os prazos determinados pela lei adjetiva penal para o edital de citação levam em conta a menor ou maior dificuldade do acusado de tomar conhecimento dele. Assim, estabelece o prazo de cinco dias quando o acusado se ocultar ou opuser obstáculo para não ser citado; de quinze dias, quando não for encontrado; de vinte dias, quando estiver em lugar incerto ou não sabido; de vinte a noventa dias, a critério do juiz, quando incerta a pessoa que tiver de ser citada.

A auditoria de correição, o conselho permanente de justiça, o conselho especial de justiça e o juiz-auditor são órgãos jurisdicionais legais e não constitucionais de primeira instância da justiça militar federal, diferente da justiça militar estadual, na qual o juiz de direito do juízo militar e os conselhos de justiça são órgãos constitucionais.

Em face da falta de previsão legal na lei adjetiva castrense, o querelante e o querelado, nos casos de ação penal privada subsidiária da pública, não possuem legitimidade para recorrer das decisões exaradas pela justiça militar.

Um oficial-general da ativa, do último posto e mais antigo da corporação, praticou crime definido como militar, gerando dúvidas sobre quem presidirá o inquérito policial militar para a completa apuração dos fatos, em face da inexistência de outro oficial da ativa de maior antiguidade. Nessa situação, deve ser convocado oficial-general da reserva do último posto, pois prevalece a relação de antiguidade entre militares no serviço ativo e na inatividade.

A instrução criminal de determinado processo em que se apura delito militar foi presidida perante juízo incompetente em razão da pessoa (ratione personae), tendo os autos sido encaminhados ao competente juízo após as formalidades processuais pertinentes. Nessa situação, caso não tenha havido a arguição da nulidade no momento oportuno, os atos já exarados poderão ser revalidados por termo ou por decisão do novo juízo.

Um insubmisso foi capturado e apresentado ao serviço médico, sendo considerado absolutamente incapaz para o serviço militar. Entretanto, já havia sido instaurada investigação provisória para a apuração do delito. Nessa situação, deve o juiz, após a indispensável promoção do Ministério Público, determinar o arquivamento do feito.

Um oficial foi condenado em sentença de primeiro grau pela prática de crime militar, tendo a referida decisão negado a concessão da suspensão condicional da pena. Conformado com a sentença condenatória, mas discordando da negativa da concessão do benefício, o réu decidiu recorrer apenas do capítulo da sentença que lhe negou o benefício. Nessa situação, o recurso cabível será o recurso em sentido estrito, sem efeito suspensivo.

Um processo foi instaurado perante a Circunscrição Judiciária Militar de Curitiba, contra várias pessoas, entre elas um coronel da Aeronáutica da ativa. Diante da impossibilidade de compor o conselho especial, devido à inexistência de oficiais em número suficiente, foi concedido pelo STM o desaforamento do processo para circunscrição judiciária militar de outro estado. Todavia, no decorrer da instrução, o coronel foi excluído do processo por força de habeas corpus e outro corréu excepcionou a competência da circunscrição judiciária, sob o argumento de haver cessado o motivo do desaforamento. Nessa situação, continua competente o juízo que recebeu o processo desaforado, mesmo que a exclusão de um dos acusados possibilite a composição do conselho de justiça no juízo militar de origem.

A prescrição da ação penal militar, de regra, regula-se pelo máximo da pena privativa de liberdade cominada ao crime, possuindo natureza jurídica de causa extintiva da punibilidade. Entretanto, no crime de deserção, o sistema do CPM configura duas hipóteses para a questão da prescrição, ora aplicando a norma geral, ora estabelecendo norma especial, previstas igualmente no estatuto castrense.