O desflorestamento da Mata Atlântica não tem relação com os sucessivos ciclos da economia brasileira e nem com a derrubada da mata para a utilização do espaço por ela ocupado.

Nos anos 60, a política ambiental implementada pelos governos militares favoreceu, por meio de intensos reflorestamentos, a recuperação desse domínio morfoclimático, principalmente na recuperação do vale sul fluminense.

A ocupação humana da região Sudeste acelerouse, consideravelmente, a partir do século XIX, exigindo mais espaços, o que implicou o desmatamento da formação vegetal original.

Originalmente, a Mata Atlântica acompanhava toda a faixa litorânea brasileira, e as áreas remanescentes atuais são preservadas por parques nacionais e estações ecológicas.

A eliminação quase total da Mata Atlântica teve seu início após a industrialização e prosseguiu ao longo dos diferentes períodos históricos, mesmo com o retorno da atividade agrícola ao longo do vale do Paraíba.