Uma análise genômica de dados obtidos de bancos públicos de sequências de DNA de humanos para identificar variantes associadas a uma doença rara está sendo conduzida. Os dados incluem variantes genéticas de diferentes populações e anotações funcionais de genes. Assinale a alternativa que apresenta a abordagem correta para identificar variantes potencialmente patogênicas e avaliar sua relevância clínica.

Um grupo de pesquisa está envolvido no sequenciamento do genoma de uma planta rara, obtendo dados de sequenciamento de uma plataforma de leitura curta (Illumina) e de uma plataforma de leitura longa (PacBio). Ao montar o genoma, enfrenta dificuldades para resolver regiões altamente repetitivas e estruturalmente complexas. A estratégia que superará esses desafios e obterá uma montagem genômica de alta qualidade é:

Um(a) pesquisador(a) está envolvido(a) em um projeto de sequenciamento de um novo genoma bacteriano. Após a obtenção dos dados de sequenciamento, precisa proceder com a montagem, anotação e análise do genoma. Durante a análise, encontra várias regiões genômicas que parecem ser incompletas ou repetitivas, dificultando a montagem final do genoma. Qual dos seguintes métodos é o correto para resolver esse problema e obter uma montagem mais completa e precisa do genoma?

Uma pesquisa sobre um painel de marcadores moleculares para prever a resposta ao tratamento com imunoterapia em pacientes com câncer está sendo desenvolvida, considerando-se diferentes tipos de marcadores. Qual dos seguintes marcadores molecularesé mais diretamente associado à capacidade do sistema imunológico de reconhecer e combater uma ampla variedade de antígenos, sendo crucial para o sucesso da imunoterapia?

Em um estudo de associação genômica ampla (GWAS) para identificar variantes genéticas ligadas à hipertensão, um(a) pesquisador(a) encontrou várias variantes candidatas. Qual é o próximo passo mais adequado para corretamente validar a associação dessas variantes com a hipertensão, considerando a necessidade de confirmação em uma população diferente e a robustez dos achados?

Um(a) geneticista está estudando marcadores moleculares para detectar predisposição genética ao câncer de mama. Ele(a) deseja identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), que possam ser usados como biomarcadores para prever o risco da doença em uma população. Qual é a melhor técnica para identificar esses SNPs?

Variantes genéticas associadas ao risco de desenvolvimento de diabetes tipo 2 vêm sendo estudadas em uma população específica. Foi sequenciado o genoma de 100 indivíduos com a doença e 100 indivíduos sem a doença, identificando várias variantes. A abordagem mais correta para determinar quais dessas variantes são significativamente associadas ao diabetes tipo 2 é:

Em genomas de mamíferos, a técnica CRISPR-Cas9 pode clivar não apenas as sequências de DNA alvo, mas também sequências altamente homólogas ou idênticas, resultando em mutações fora de alvo (off-target mutations). Essas mutações indesejadas podem ser deletérias, levando a efeitos adversos como morte celular ou transformação e comprometendo a eficiência da inserção do gene desejado. Para garantir a especificidade da CRISPR-Cas9 e minimizar essas mutações fora de alvo, é crucial selecionar locais de destino com alta compatibilidade entre o RNA guia (gRNA) e sua sequência complementar, bem como otimizar a dosagem da CRISPR-Cas9. A técnica CRISPR-Cas9 está sendo usada para inserir um gene de interesse no genoma de células de mamíferos, mas a inserção é ineficiente. Qual das seguintes estratégias é mais apropriada para aumentar a eficiência da inserção do gene?

Um grupo de pesquisa pretende corrigir uma mutação pontual em células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) usando CRISPR-Cas9, mas enfrenta uma baixa taxa de correção. Qual estratégia correta deve adotar para aumentar a eficiência de correção da mutação?

A tecnologia TALEN (Transcription Activator-Like Effector Nucleases) é utilizada para edição de genomas que são extremamente precisos, podendo modificar quaisquer sequências de DNA em organelas celulares (mitocôndrias, por exemplo); e discriminar entre alvos de DNA metilados e não metilados. Em plantas, os TALENs podem ser usados para as proteger dos efeitos das alterações climáticas, através da edição de genes que aumentam a proteção contra pragas, doenças, condições ambientais severas e melhoria da qualidade dos produtos agrícolas. Num experimento, TALEN foi utilizada para editar um gene específico em células de planta, mas a edição não ocorreu conforme o esperado. Qual das seguintes estratégias aumentará a eficiência da edição gênica?