Sobre as águas brasileiras, o Brasil exerce total soberania no que se refere ao transporte nacional ou internacional aquaviário, não sendo obrigado a obedecer normas que não tenham sido incorporadas ao direito brasileiro.

O principal objetivo do projeto da hidrovia da Lagoa-Mirim, na fronteira do Brasil com o Uruguai, é possibilitar o escoamento da produção pesqueira uruguaia.

Como o Brasil conta com apenas oito sítios Ramsar, os conflitos entre a implementação de hidrovias e o cumprimento dos objetivos gerais da Convenção de Ramsar estão restritos a essas localidades.

A promoção de alterações na profundidade do leito dos cursos de água atingidos pela implantação da hidrovia Paraguai-Paraná requer especial atenção no que se refere aos impactos sobre os pulsos de inundação e a manutenção do regime de cheias do Pantanal.

A construção das hidrelétricas de Jirau e Santo Antônio, no Rio Madeira, guarda relação com a plena implementação da hidrovia do rio Madeira e poderá contribuir para o aumento da produção de grãos no país.

Em respeito à Política Nacional do Meio Ambiente, em um projeto de execução de dragagem, deve ser previsto o monitoramento das taxas tanto de deposição de sedimentos quanto da velocidade e do sentido das correntes marinhas.

A dragagem aumentará a taxa de produtividade primária dos fitoplânctons na região.

A dragagem para desobstruir o acesso ao terminal poderá provocar impactos negativos ao turismo, mas, com relação aos corais de Abrolhos, o impacto será positivo, visto que os sedimentos em suspensão, em decorrência da dragagem, serão aporte de nutrientes para os corais.

Em casos de aplicação da compensação ambiental, a unidade de conservação a ser beneficiada deve ser de proteção integral.

O abastecimento de barcaças na área do referido terminal é alternativa bastante viável e benéfica ao ambiente, visto que se otimiza o uso de combustível, evitando-se riscos ambientais adicionais.