Tanto o gerenciamento costeiro quanto o gerenciamento dos recursos hídricos de águas continentais são, isoladamente, importantes para o transporte aquaviário; sendo, entretanto, a integração entre eles figura de retórica, sem base técnica que a justifique.

O fortalecimento de comitês de bacia hidrográfica e o controle do desmatamento no interior das bacias hidrográficas geram impactos positivos no transporte aquaviário.

A dragagem por resultados, criada pelo Programa Nacional de Dragagem Portuária e Hidroviária e voltada para o aprofundamento, alargamento ou expansão de áreas portuárias e de hidrovias, incluídos os canais de navegação, bacias de evolução e de fundeio e berços de atracação, por definição, é sustentável e destina-se ao controle dos impactos ambientais.

A Integração da Infraestrutura Regional Sul-americana (IIRSA) pode ser também justificada com base no conceito de sustentabilidade.

A elaboração de mapas de sensibilidade ambiental da zona costeira e marinha, para subsidiar processos de licenciamento ambiental, está de acordo com os objetivos de um dos capítulos da Agenda 21.

Por ser realizado totalmente na costa brasileira, o transporte de cabotagem não acarreta riscos de contaminação por seres vivos e materiais transportados de outras localidades.

A integração do transporte por cabotagem a outros modais de transportes otimiza recursos e traz benefícios ambientais.

Minério de ferro e grãos agrícolas respondem majoritariamente pelo transporte de granel sólido no Brasil.

O granel líquido representa pequena parte da carga total transportada por cabotagem no Brasil.

Mesmo com relação ao transporte por cabotagem, é possível realizar estudos para definir rotas de menor impacto ambiental utilizando-se técnicas de geoprocessamento.