O instrumento de convênio pressupõe a formal manifestação de interesse de cooperação técnica e financeira, que contemple ações previstas nos orçamentos, tanto da entidade proponente quanto da concedente.

O Fundo Nacional de Saúde é impedido de transferir recursos financeiros para projetos de cooperação envolvendo entidades privadas.

A citada cooperação foi desconsiderada no programa Mais Saúde para Todos, no que se refere à regulação das transferências voluntárias para outras unidades do SUS para a realização de ações estratégicas.

Entre as justificativas para a regulação dos procedimentos de cooperação técnica e financeira no âmbito do MS foi declarada a necessidade de descentralização de atividades, projetos e programas financiados pelo MS, com enfoque na transparência e visibilidade dos atos administrativos.

De acordo com a I Conferência de Ciência e Tecnologia em Saúde, os processos de produção e avaliação do conhecimento científico/tecnológico e a incorporação desse conhecimento às práticas do SUS precisam ser identificados e desenvolvidos.

Atualmente, o entendimento por parte de todos os protagonistas é de que a contratação de pessoal, bem como a compra de produtos e serviços para o SUS têm sofrido pouca influência direta do sistema de produção do conhecimento científico e tecnológico.

Há carência de um conselho de âmbito nacional para julgar projetos do ponto de vista ético, que envolvam o ser humano, sobretudo em relação às pesquisas em saúde.

A criação de uma agência de fomento à ciência e tecnologia especializada na área de saúde tem obtido significativa adesão da comunidade científica e profissional.

Em relação ao modelo de gestão de uma nova PNCTIS, a Comissão de Ciência e Tecnologia defendeu a idéia de manter no âmbito interno do MS o fomento às atividades de P&D.

A PNCTIS contemplou fracamente os principais condicionantes relativos à saúde coletiva.