Apesar de suas técnicas inovadoras, o sistema ABC é incapaz de acompanhar e corrigir os processos internos da empresa, além de não interferir nos controles internos da entidade.

Uma das desvantagens do custeio ABC é o não atendimento aos princípios contábeis, o que impossibilita sua adoção à luz da legislação vigente.

O sistema ABC não se aplica a empresas prestadoras de serviços. Seu arcabouço teórico parte do pressuposto da existência de processo de transformação de insumos em produtos, o que não ocorre em empresas não industriais.

Uma vez estruturado o sistema ABC, é desnecessário regular a revisão dos procedimentos. Geralmente, a revisão ocorre a cada três ou cinco anos, diferentemente do que acontece com os outros sistemas de custeio que exigem revisões em períodos menores.

Para alocar os custos indiretos, o sistema ABC atribui, inicialmente, os custos às atividades e, posteriormente, aos produtos. O processo consiste em rastrear os custos, apropriando-os às atividades, verificar as circunstâncias em que os portadores finais de custos absorveram os serviços de tais atividades e, finalmente, incorporar esses custos aos produtos.