Quando se tratar especificamente de substância de baixo índice terapêutico, baixa dosagem e alta potência, deverá haver dupla checagem (operador e farmacêutico) na pesagem para diluição e na pesagem para manipulação, com registro dessas operações.

Clonidina, colchicina, digitoxina, digoxina, minoxidil, prazosina, varfarina e verapamil são substâncias definidas como fármacos de baixo índice terapêutico, baixa dosagem e alta potência.

Os documentos referentes à manipulação de fórmulas devem ser arquivados durante um ano após o vencimento do prazo de validade do produto manipulado, ou durante dois anos quando o produto contiver substâncias sob controle especial, podendo ser utilizado sistema de registro eletrônico de dados ou outros meios confiáveis e legais.

É permitida, à farmácia, a utilização dos mesmos utensílios na manipulação de preparações para uso interno e externo, desde que existam procedimentos operacionais escritos que garantam a limpeza e sanitização desses utensílios.

É vedado o aviamento e/ou a dispensação de prescrições com doses ou posologia acima dos limites farmacológicos ou com incompatibilidade ou interações potencialmente perigosas.

Farmácias que mantêm filiais podem centralizar, em um de seus estabelecimentos, as atividades de controle de qualidade, sem prejuízo dos controles em processo necessários para avaliação das preparações manipuladas. Em caso de franquias, as análises de controle de qualidade passíveis de terceirização poderão ser realizadas pela franqueadora para as franqueadas mediante estabelecimento de contrato entre as partes.

É vedado utilizar qualquer dependência da farmácia ou da drogaria como consultório ou outro fim diverso do licenciamento.

Além da dispensação, farmácias e drogarias poderão prestar serviços de atenção farmacêutica e perfuração de lóbulo auricular para colocação de brincos. A prestação de serviço de atenção farmacêutica compreende a atenção farmacêutica domiciliar, a aferição de parâmetros fisiológicos (pressão arterial e temperatura corporal), bioquímico (glicemia capilar), sorológicos (testes rápidos) e a administração de medicamentos.

A RDC nº 41/2012 altera a RDC nº 44/2009 e estabelece que medicamentos isentos de prescrição poderão permanecer ao alcance dos usuários para obtenção, por meio de autosserviço no estabelecimento.

Medicamentos sujeitos a controle especial devem ser armazenados em local segregado (armário resistente ou sala própria) com chave, sob a guarda do farmacêutico, observando as demais condições estabelecidas em legislação específica. Produtos violados, vencidos ou sob suspeita de falsificação devem ser identificados e mantidos na área de dispensação até inutilização/descarte, obedecidas às exigências de legislação específica para Gerenciamento de Resíduos de Serviços de Saúde.