Uma das técnicas de auditoria aplicáveis pelo Sistema de Controle Interno do Poder Executivo federal é a confirmação externa, por meio da qual se faz o cotejo das informações obtidas de fontes independentes, autônomas e distintas, no interior da própria organização.

O servidor que, no exercício de suas funções, tomar conhecimento de irregularidades deve comunicá-las, em caráter sigiloso, ao órgão de controle externo e à auditoria independente.

Os órgãos e unidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo federal fiscalizarão a inclusão dos recursos transferidos no orçamento dos órgãos e entidades beneficiários, bem como a compatibilidade dos montantes transferidos com o objeto pactuado.

A diferença entre os desfalques permanentes e temporários é que, no primeiro caso, o funcionário tem acesso aos ativos e aos registros contábeis da entidade.

Os controles administrativos dizem respeito, especialmente, às operações de uma empresa. Em uma auditoria típica, o auditor independente deve verificar os controles administrativos, mas não lhe cabe avaliar a relação entre seus custos e os respectivos benefícios.

A fixação das quotas trimestrais para efeito de programação da despesa visa, entre outras finalidades, a que o ente público mantenha um comportamento regular na utilização de seus recursos. Estes deverão ser os necessários e suficientes para a execução tempestiva do programa anual de trabalho.

Caso uma unidade gestora solicite recursos ao respectivo órgão setorial de programação financeira, o lançamento da solicitação na unidade gestora deverá ser feito a débito da conta de sub-repasse a aprovar.

Nas transferências voluntárias que a União efetuar aos estados e ao Distrito Federal, o Banco do Brasil S.A. deverá reter, no ato do pagamento ou crédito, a COFINS, mediante a aplicação da alíquota respectiva.

Os valores dos tributos retidos dos contribuintes que prestarem serviços à administração federal são devidos, exclusivamente, na fonte, não podendo ser compensados com os demais valores devidos na apuração dos respectivos tributos.

As empresas prestadoras de serviços à administração pública federal que gozarem de isenção tributária deverão informar essa condição no documento fiscal que emitirem contra a administração para evitar a retenção do tributo correspondente, nos pagamentos efetuados pela administração.