Em 1889, a proclamação da República aconteceu embalada por uma idéia principal: modernizar o Brasil a todo custo. Destituíram-se as juntas e inspetorias de higiene provinciais, substituídas pelos serviços sanitários estaduais, estes bastante deficientes inicialmente. A desorganização desses serviços facilitou a ocorrência de novas ondas epidêmicas no país, logo nos primeiros anos da República. Entre 1890 e 1900, o Rio de Janeiro e as principais cidades brasileiras continuaram as ser vitimadas por varíola, febre amarela, peste bubônica, febre tifóide e cólera, que mataram milhares de pessoas.

Em 1808, D. João VI atribuiu à Fisicatura as ações voltadas para os problemas de higiene do meio urbano, a qual esboçou a idéia de uma política sanitária da cidade. A concepção adotada sobre as causas das doenças baseava-se na teoria miasmática. Com a teoria miasmática, iniciada com a descoberta dos microrganismos, surgiu a necessidade de identificação do agente etiológico da doença, o que se concretizou na segunda metade do século XIX e início do século XX.

Após o Conselho Ultramarino português, responsável pela administração das colônias, ter criado, ainda no século XVI, os cargos de físico-mor e cirurgião-mor, a população brasileira colonial, preferiu submeter-se aos tratamentos desses médicos formados na Europa do que seguir aos procedimentos recomendados pelos curandeiros negros ou indígenas.

Uma das ações para a concretização da dominação portuguesa no Brasil era a conversão de indígenas ao cristianismo, e isso significava neutralizar a influência do pajé. Os padres jesuítas tiveram papel importante nesse aspecto por assistirem aos doentes, ministrando medicamentos, manipulados por eles mesmos em suas boticas, e alimentos aos pacientes, além de aproveitarem aquele momento para a catequese.

Logo após a identificação das fontes de infecção, do modo de transmissão e da população exposta a elevado risco de infecção, devem ser recomendadas as medidas adequadas de controle, bem como um relatório circunstanciado, a ser amplamente divulgado a todos os profissionais de saúde envolvidos no processo.

A ocorrência de casos suspeitos de febre amarela requer imediata notificação e investigação por se tratar de doença grave. Um caso pode significar a existência de um surto, o que impõe a adoção imediata de medidas de controle. Por ser uma doença de notificação compulsória internacional, todo caso suspeito deve ser prontamente comunicado por telefone, fax ou mensagem eletrônica (e-mail) às autoridades sanitárias superiores. No caso de outras doenças, a notificação compulsória internacional ainda não é exigida, mas esse procedimento está sendo revisto.

A notificação compulsória consiste na comunicação à autoridade sanitária da ocorrência de determinada doença, agravo à saúde ou surto, e deve ser feita obrigatória e tão-somente por profissional de saúde credenciado, visando à adoção das medidas de intervenção pertinentes.

São medidas à proteção e integridade da equipe de coleta e das amostras: considerar o material coletado como altamente perigoso; tamponar qualquer ferida com atadura a prova d'água; utilizar equipamentos de proteção individual adequados à atividade prevista; levar o material e os utensílios de coleta duplicado; colocar as amostras em caixas que não vazem água; abrir o recipiente com material lentamente para evitar a produção de aerossóis; limpar o material de coleta com água sanitária e álcool para evitar contaminação cruzada entre as coletas; ao retornar ao laboratório, lavar os sapatos e os pneus do carro com água sanitária ou etanol (70%); lavar as roupas utilizadas no campo em separado.

A amplitude e o grau de aprofundamento da investigação de um surto de doença aguda vai depender do nível de conhecimento da etiologia, da fonte e dos modos de transmissão e das medidas de controle disponíveis. Os referenciais teóricos aplicados nas investigações epidemiológicas de campo originam-se da clínica médica, da epidemiologia e das ciências de laboratório.

De maneira geral, a ocorrência de surtos por fonte comum, como, por exemplo, um surto de gastrenterite causada por uma toxiinfecção alimentar, é fácil de ser confirmada pela forma abrupta com que aumenta o número de casos. Por sua vez, a identificação de epidemias progressivas decorrentes de transmissão pessoa a pessoa ou por vetor pode apresentar dificuldades. Como exemplo, podem-se citar surtos de doença meningocócica ou de rubéola.