Prova Completa: Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102 (UFRJ

3023324 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102
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Sobre as análises de transcriptoma diferencial utilizando a metodologia RNA-seq, é correto afirmar que:

A

as novas tecnologias de sequenciamento não podem ser utilizadas nas metodologias de RNA-seq atuais, pois a transcriptase reversa não é compatível com esses novos métodos.

B

é possível realizar análises e agrupamentos (assemblies) de transcriptomas sem a necessidade de um genoma de referência, o chamado “de novo assembly”.

C

dentre as métricas para acessar a qualidade de um transcriptoma encontra-se a medida de qualidade de um agrupamento (assembly) que inclui a média do tamanho dos fragmentos, número de fragmentos gerados e N30.

D

genes de maior tamanho terão menor número de fragmentos/leituras sequenciadas que genes menores, se a expressão do transcrito for a mesma. A expressão dos genes é ajustada pela divisão dos fragmentos sequenciados pelo tamanho do gene, resultando na métrica: fragmentos por kilobase do transcrito por milhões de leituras mapeadas (FPKM).

E

a expressão gênica varia dentro e entre tecidos, e o RNA-seq mede a expressão com mistura entre tipos celulares. Até o presente momento não é possível realizar RNA-seq com uma única célula, sendo 2x10⁶ o número mínimo recomendado de células.

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3023323 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102
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Sobre a reação da polimerase em cadeia (PCR) convencional e em tempo real, assinale a alternativa INCORRETA.

A

A detecção da fluorescência durante a reação da polimerase em cadeia em tempo real (PCR em tempo real) é baseada exclusivamente na utilização do intercalante de DNA Syber Green ou intercalantes similares, não havendo a possibilidade de utilização de sondas de DNA específicas para um determinado gene.

B

No PCR em tempo real é possível comparar a expressão de um gene regulado, isto é, aquele cuja expressão varia ao longo do tempo, a partir do processo de normalização com um gene constitutivo, isto é, um gene cuja expressão não varia ao longo do tempo ou tratamento.

C

No PCR, na primeira etapa do ciclo, a temperatura é elevada a 94°C para a separação da fita dupla de DNA. Após o anelamento dos primers em temperatura reduzida, na última etapa do ciclo, a temperatura é elevada a 72°C para que a enzima Taq polimerase possa realizar a extensão; em seguida um novo ciclo é iniciado. Normalmente, são realizados de 25 a 40 ciclos para cada reação.

D

Dentre as diversas aplicações do PCR destacam- se o teste de paternidade, o diagnóstico de doenças infecciosas e a amplificação de genes oriundos de bibliotecas de cDNAs.

E

Após a realização do PCR convencional, a eletroforese em agarose é o método mais utilizado para visualização dos fragmentos de DNA. Após a corrida eletroforética, o gel é corado com brometo de etídeo ou substância similar intercalante de DNA e observado em transiluminador.

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3023322 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102
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Um vetor é uma molécula de DNA utilizada como um veículo para carrear artificialmente material genético para outra célula. Sobre os vetores de DNA, assinale a alternativa correta.

A

Plasmídeos são vetores de DNA utilizados em laboratórios contendo sítios múltiplos de clonagem que permitem a inserção de um fragmento transgênico.

B

Vetores de expressão eucarióticos e procarióticos contêm exatamente os mesmos elementos, não havendo diferença entre os elementos básicos como cauda poli A, sequência 5'-UTR e outras sequências de DNA idênticas entre os dois grupos.

C

Os cromossomos artificiais de levedura (YACs) são geneticamente derivados de DNA de Escherichia coli e são capazes de receber grandes fragmentos de DNA, entre 1.000 e 100.000 kb.

D

Fosmídeos são derivados de levedura e podem conter até 40 kb de DNA, sendo utilizados para os projetos genoma de humanos.

E

Nos últimos anos o processo de recombinação homóloga presente em leveduras tem sido substituído por métodos mais modernos que utilizam enzimas de restrição.

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3023321 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102
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O sistema CRISPR é um mecanismo de sistema imunológico adaptativo presente em diversas bactérias e na maioria das Archaea caracterizadas. Recentemente este método foi adaptado para a edição de genomas em organismos multicelulares, incluindo vários organismos-modelo como camundongos, peixes, moscas dentre outros. Sobre esse sistema, é correto afirmar que:

A

desde sua descoberta, Cas9 tem sido utilizada em múltiplos organismos; todavia outras nucleases, como ZFNs and TALENs, recém- -descobertas, tendem a substituir o sistema Cas9 num futuro próximo.

B

com a clivagem do DNA por Cas9, uma quebra de fita dupla é gerada, levando ao único mecanismo conhecido de reparo de DNA de fita dupla, o reparo direcionado por homologia (em inglês homology-directed repair – HDR).

C

embora o sistema CRISPR/Cas9 seja muito poderoso nas realizações de nocautes (knock- -outs), ainda não foi reportada a inclusão de novos pedaços de DNA nos genomas (knock- -in) nem mutações sítio-dirigidas.

D

uma das principais vantagens do sistema CRISPR/Cas9 é o estudo de genes essenciais, uma vez que a remoção de ambas as cópias de um determinado gene essencial (nocaute) é compatível com a vida e, portanto, pode ser estudada com a utilização de CRISPR/Cas9.

E

o complexo Cas9-sgRNA reconhece seu alvo no DNA através de pareamento Watson–Crick entre o sgRNA e o DNA-alvo no genoma e através de interações entre Cas9’s com o sítio PAM adjacente ao sítio de reconhecimento do sgRNA.

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3023320 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Tecnólogo - Análise de Alto Rendimento A-102
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Em 2006, Andrew Fire e Craig C. Mello foram agraciados com o prêmio Nobel em Fisiologia e Medicina pelos seus trabalhos sobre o fenômeno de interferência de RNA (RNAi), um processo biológico de inibição da expressão ou tradução de RNAs mensageiros específicos. Em relação ao mecanismo de RNAi, assinale a alternativa INCORRETA.

A

Vários componentes da via de RNAi também controlam os processos de desenvolvimento, através do processamento de RNAs não codificantes, os chamados micro-RNAs.

B

O silenciamento de um gene é uma consequência da degradação de RNAs mensageiros em RNAs pequenos (short RNAs), que, por sua vez, ativam DNA polimerases para degradação de RNAs homólogos alvos.

C

Os fenótipos resultantes de RNAi são idênticos a mutantes nulos genéticos ou similares a séries alélicas de mutantes.

D

O silenciamento específico por RNAi foi associado a diversos processos regulatórios, como silenciamento de transposons, mecanismos de defesa antiviral, regulação gênica, dentre outros.

E

Evidência genética e análises bioquímicas revelaram um mecanismo em dois passos: a degradação de RNAs de fita dupla em pequenos RNAs de interferência (siRNAs) de 21 a 25 nucleotídeos mediado por uma RNAse III. E a união do siRNA ao complexo RNAse,

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3023319 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Sobre as ferramentas computacionais utilizadas para predição gênica e intergênica em eucariotos, assinale a alternativa correta.

A

A única característica necessária para predição computacional das regiões codificantes de um gene em eucariotos é a busca por quadros abertos de leitura (Open Reading Frames - ORFs). Proteínas funcionais têm, no início de todas as suas ORFs, um códon de início, correspondente ao aminoácido metionina, e centena(s) de pares de base após um códon de parada TAG ou sequência similar.

B

Genes eucarióticos são, em geral, separados por regiões intergênicas pequenas, os introns; e os exons, em geral de tamanho maior que os introns.

C

Os programas responsáveis por predições de sequências regulatórias em animais, os enhancers, demonstram alto nível de acurácia e baixo nível de falsos positivos, uma vez que os sítios de ligação dos fatores de transcrição (binding sites) ao DNA são pouco degenerados.

D

Dentre as principais características dos programas de predição gênica encontram-se a predição ab initio, que considera os parâmetros estatísticos presentes na sequência de DNA para identificação dos genes e os métodos que se utilizam de informações de homologia, a partir da identificação de sequências homólogas em outros genomas ou databases públicas internacionais.

E

Nos últimos dez anos tornou-se claro a partir de estudos em organismos multicelulares que mais de 99% dos genomas contêm DNA intergênico denominado “DNA lixo”, por não possuir qualquer função biológica evidente.

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3023318 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Sobre as análises comparativas e alinhamentos de DNAs e de proteínas, assinale a alternativa correta.

A

Em geral, métodos de alinhamentos globais são muito mais eficientes que alinhamentos locais para identificar pequenas regiões com alta similaridade dentro de sequências de DNA longas.

B

Uma mudança de nucleotídeo é considerada sinônima se leva a mudança de um códon para um aminoácido diferente.

C

Uma transição ocorre quando uma base nitrogenada purina é substituída por uma pirimidina.

D

Em relação a sequências de DNA, seleção positiva se refere à seleção em favor de substituições sinônimas. Neste caso, espera-se que a distância evolutiva baseada em substituições sinônimas seja maior que a de substituições não sinônimas.

E

Nos últimos anos, a filogenômica tem contribuído para a construção e confirmação de relações evolutivas entre grupos de seres vivos.

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3023317 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
Orgão: UFRJ

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Um dos grandes avanços ao longo dos últimos anos no entendimento da regulação da expressão dos genes foi o desenvolvimento de técnicas de isolamento de cromatina aberta (ativa), associadas a sequenciamento massivo em larga escala. Sobre esses métodos de análise genômica, assinale a alternativa correta.

A

O método de ATAC-seq é uma variação do método tradicional de transcriptoma, mas que realiza a análise com um número muito maior de transcritos.

B

A existência de um genoma previamente anotado não é importante para o mapeamento dos fragmentos obtidos a partir de experimentos de ATAC-seq.

C

O método de ChIP-seq é baseado na fixação do tecido ou células em questão, seguido de coimunoprecipitação mediada por anticorpo específico para um fator de transcrição ou molécula associada a cromatina e por sequenciamento em larga escala.

D

No método de ATAC-seq é essencial a utilização da enzima ligase durante a preparação das bibliotecas genômicas.

E

Enquanto no método de ChIP-seq é possível identificar sequências abertas de leitura, no método de ATAC-seq é possível identificar sítios de ligação para fatores de transcrição.

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3023316 Ano: 2018
Disciplina: Biologia
Banca: UFRJ
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Sobre os novos métodos de sequenciamento de DNA, também chamados de métodos de sequenciamento de DNA de nova geração, é correto afirmar que:

A

todas estas novas tecnologias têm como princípio tecnológico a hibridização com sondas de ácidos nucleicos.

B

a alta taxa de erros de sequenciamento de DNA de todos estes novos métodos inviabiliza sua utilização para sequenciamento de novos genomas.

C

o alto preço por base de DNA sequenciada dos novos métodos de sequenciamento é compensado pela geração de fragmentos de DNA de grande tamanho, sendo estes fragmentos obtidos pela tecnologia de sequenciamento por síntese (Illumina).

D

os sequenciamentos obtidos pela tecnologia PacBio são pequenos fragmentos de DNA, ou seja, menores que 100 nucleotídeos, mas com baixa taxa de erro.

E

a principal vantagem dos novos métodos de sequenciamento de DNA é a possibilidade de obtenção de milhões de sequências de DNA diferentes simultaneamente a partir de uma única corrida ou reação, ao contrário do tradicional de Sanger, no qual uma única sequência de DNA pode ser obtida por sequenciamento por capilar.