Com relação à programação pactuada integrada os municípios devem explicitar os recursos que serão destinados à assistência à saúde de sua própria população e da população referenciada de outros municípios, de acordo com o pactuado.

Constituem os principais instrumentos do planejamento da regionalização, entendida como uma diretriz do Pacto pela Saúde: o Plano Diretor para a Racionalização de Recursos (PDR), o Plano Diretor de Informação em Saúde (PDIS) e a Programação de Expansão da Estratégia de Saúde da Família (PROESF).

O Pacto pela Saúde constitui um conjunto de alterações na estrutura organizacional do Ministério da Saúde com o principal objetivo de desburocratizar a relação dos estados e municípios com as coordenações dos programas federais na área da saúde.

Estão submetidas à regulação da Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS) as empresas que operam planos privados de assistência à saúde, excluídas aquelas do tipo cooperativas médicas e cooperativas odontológicas.

A legislação permite, de maneira ampla, que a assistência à saúde seja livre à iniciativa privada, porém estabelece que a contratação de serviços privados de saúde pelo SUS, em caráter complementar, deverá considerar de forma preferencial as entidades filantrópicas e as sem fins lucrativos.

Especialmente em relação ao servidor que exerça funções equivalentes às de ACS ou de agente de combate às endemias, o texto constitucional prevê a perda de cargo em caso de descumprimento dos requisitos específicos, fixados em lei, para o seu exercício, além das demais hipóteses previstas em lei para perda de cargo no caso de servidor público estável em geral.

Aos gestores locais do SUS foi permitida e regulamentada a contratação direta (pelo regime estatutário ou celetista) e, em situações especiais, a contratação indireta (por meio de organizações não-governamentais, cooperativas ou associações de moradores de bairro) dos ACS e agentes de combate às endemias, prática esta já instituída em larga escala pelos municípios brasileiros mesmo anteriormente à lei.

O texto constitucional, que dispõe sobre a contratação dos ACS, ordenou a substituição imediata de todos os agentes contratados anteriormente à data de sua promulgação, o que impediu o aproveitamento inclusive daqueles que já atuavam nos municípios, ainda que tivessem sido submetidos a processos seletivos públicos antes da contratação.

A legislação vigente permite aos gestores locais do SUS contratar agentes comunitários de saúde (ACS) e agentes de combate às endemias, desde que aprovados em processos seletivos públicos, salvo em situações especiais dispostas em lei.

O texto constitucional regulamentou os valores percentuais que devem ser usados para o cálculo dos recursos mínimos a serem aplicados pela União, pelos estados e pelos municípios em ações e serviços públicos de saúde, assim como as normas de cálculo do montante a ser aplicado pela União, dispensando a formulação de lei complementar para esse fim.