A maior parte dos resíduos da industrialização do pescado é destinada à produção de fertilizantes ou produtos químicos, ao passo que a menor parte é utilizada na produção de ração para alimentação animal.

Os resíduos da indústria pesqueira classificados como não inertes apresentam propriedades como combustibilidade, biodegradabilidade ou solubilidade em água e são os que possuem maior potencial para reciclagem.

Deve ser dado aos resíduos tratamento adequado: para seu acondicionamento, é recomendada a utilização de recipientes à prova d’água, de material resistente e não corrosivo; para seu escoamento, é indicado o uso de calhas.

Para evitar possíveis fontes de contaminação na área industrial, a rede de distribuição de água não deve estar disposta sobre equipamentos utilizados no processamento de alimentos.

As águas residuárias, geradas na industrialização de peixes, por serem ricas em sólidos suspensos totais e restos de peixes, devem ser encaminhadas para a estação de tratamento de efluentes e recolhidas em tanque de retenção para a separação da fase sólida.

A água de abastecimento de um sistema de criação de peixes deve ser a de origem superficial ― água de rios, lagos naturais, açudes e córregos ―; sendo desaconselhada a de origem subterrânea, ou seja, a proveniente de nascentes e poços.

O efluente oriundo da indústria processadora de pescado caracteriza-se pelas baixas concentrações de nitrogênio total e de matéria orgânica, não sendo, portanto, considerado fonte poluidora da água.

São condições necessárias à adequada evisceração de pescado em embarcações de pesca ou estabelecimentos frigoríficos em terra: lavagem prévia do pescado inteiro com água limpa ou potável, para se reduzir a carga bacteriana, eliminação do sangue e das vísceras da cavidade ventral após a evisceração e higienização dos equipamentos e utensílios utilizados.

A análise de riscos e controles de pontos críticos (HACCP) é um programa de controle das boas práticas de segurança alimentar por meio do qual se busca identificar perigos específicos e propor medidas preventivas e ações de controle em todas as etapas da produção de pescados.

Peixes de pequeno e médio porte, a exemplo do arenque, da sardinha e da cavalinha, devem ser eviscerados imediatamente após a captura, ao passo que os peixes grandes não devem ser eviscerados imediatamente, devendo-se colocar gelo ao redor e dentro de sua cavidade ventral.