Para assegurar a qualidade de produtos derivados do pescado, utilizam-se sistemas de controle de qualidade, como o da análise de perigos e pontos críticos de controle (APPCC), que previne a indústria contra os perigos biológicos, físicos e químicos desde a captura até a chegada do produto ao consumidor.

Em embarcações que empreguem água do mar ou salmoura refrigerada para a conservação do pescado capturado, todos os equipamentos devem ser limpos, imediatamente após a descarga, com água potável ou água do mar limpa.

Na manipulação e preparação do pescado para processamento, as áreas de recepção e estocagem devem ser separadas dos locais de preparação e embalagem do produto final.

Faz parte do programa de sanificação utilizado nas plantas processadoras, cujas superfícies molhadas fornecem condições favoráveis ao crescimento de microrganismos, a aplicação de sanitizantes para prevenir a recontaminação antes do processamento.

Dada a rapidez, os testes microbiológicos e físico-químicos, são mais empregados nas indústrias de pescado que os testes sensoriais.

Todo equipamento utilizado a bordo de embarcações para armazenar, manipular, transportar e processar o pescado deve ser de material resistente à corrosão, que permita rápida e eficaz manipulação do pescado, portanto é proibido o uso de qualquer artefato de madeira.

Na avaliação da qualidade do pescado na indústria, caso o produto esteja deteriorado ou alterado, exige-se a colheita de amostras para análise laboratorial, procedimento necessário para possíveis situações de intervenções legais com aplicação de penalidades.

Visando ao desenvolvimento das atividades produtivas de pescado, o governo federal criou o Programa Mais Alimentos, destinado a todos os pescadores e aquicultores do país que desejem captar recursos para investimentos nas suas atividades produtivas.

Compete ao Conselho Nacional de Aquicultura e Pesca formular e aplicar políticas públicas para o desenvolvimento e o fomento das atividades da aquicultura e da pesca no território nacional.

Os resíduos de pescados contaminados são classificados como perigosos, visto que apresentam propriedades físicas, químicas ou infectocontagiosas, que oferecem risco à saúde pública.