Segundo a classificação doutrinária, o homossexualismo, o desafio para duelo e o ultraje incluem-se entre os crimes atentatórios à disciplina militar que têm somente o militar como sujeito ativo, não obstante se tratar de delitos impropriamente militares.

Mesmo sendo crimes propriamente militares, a revolta e o motim podem ter um civil como coautor, visto que a descrição típica dos delitos exige, para a sua configuração, a participação de dois ou mais agentes.

A distinção entre a conduta de desrespeito e o desacato ao superior consiste em que, na primeira situação, o subordinado falta com o respeito e a consideração devida ao superior — o que se resolve apenas no âmbito disciplinar, sem tipicidade penal —, ao passo que, na situação de desacato prevista como crime militar, o agente ofende moralmente o superior, com o livre propósito de diminuir a sua autoridade.

Um militar, em dias determinados, alegando imperativo de consciência decorrente de crença religiosa, se recusou a obedecer ordem emanada de superior hierárquico que determinava o serviço de limpeza das dependências do quartel. Nessa situação, a recusa do militar caracterizou crime de insubordinação.

Uma praça da PM da ativa praticou, de forma reiterada, com intuito de lucro, compra e revenda de automóveis, tornando essa atividade comercial a sua principal fonte de renda. Nessa situação, a conduta da praça resolver-se-á no âmbito disciplinar, uma vez que o crime de comércio ilícito previsto no diploma penal castrense tem como sujeito ativo somente o militar, na condição de oficial.

No que se refere aos prazos prescricionais, o CPM estabeleceu, para cada crime, os limites temporais da prescrição punitiva tendo como referência principal o máximo da pena prevista em abstrato, com lastro na expectativa de apenamento máximo para toda e qualquer hipótese infracional nele tipificada.

Se três indivíduos, todos imputáveis, buscando um resultado comum, praticarem crime de concurso eventual, cada um dos concorrentes deverá responder por um delito próprio, com elemento subjetivo próprio e produção de resultado próprio. Nesse caso, configura-se a pluralidade de agentes e de crimes.

A perda de bem ou valor que constitua proveito auferido pelo agente com a prática delituosa constitui efeito extrapenal genérico da condenação.

São causas extintivas da punibilidade previstas no CPM, entre outras, a graça, o indulto, a anistia e a morte do agente.

Em eventual conflito aparente de normas, tanto o CPM quanto a lei ordinária que estabeleça tipos penais militares devem prevalecer sobre a legislação comum, em decorrência do princípio da especialidade.