Na produção de derivados do leite, bactérias como Lactobacillus e Streptococcus reduzem o ácido pirúvico a ácido láctico, o que provoca aumento do pH e coagulação das proteínas do leite.

Em organismos fermentadores alcoólicos, no meio intracelular, o ácido pirúvico, produzido pela hidrólise da glicose, é descarboxilado, o que forma acetaldeído, reduzido a etanol pelo NADH.

A penicilina é exemplo de antibiótico betalactâmico produzido em larga escala por fermentadores compostos, entre outros elementos, de bactérias do gênero Clostridium.

Em determinados processos, utilizam-se microrganismos geneticamente modificados, como o Erwinia herbicula, que expressa um gene de Corynebacterium, que, por sua vez, converte glicose em ácido 2-cetogulônico, facilmente convertido em ácido ascórbico.

A catálise enzimática de óleos vegetais por lipases catalisa a hidrólise de triacilgliceróis em ésteres de glicerol e ácidos graxos de cadeia longa, o que permite a produção de glicerina de alta pureza, que alcança elevados valores de mercado.

A produção de leite com baixo teor de lactose é obtida a partir da incubação do leite integral com bactérias produtoras da enzima lactase, que promove a conversão de lactose em glicose e galactose.

O processo de upstream se caracteriza pela realização de operações para isolamento e purificação de determinado produto oriundo de fermentação, como, por exemplo, a extração de penicilina com etanol e etilacetado em um sistema pós-fermentação.

Na fermentação em estado sólido, a fase sólida atua como suporte para o crescimento das células microbianas, sendo as fontes de carbono e nitrogênio adicionadas ao longo do crescimento do microrganismo.

Na fermentação submersa, ocorre homogeneidade do sistema, que possibilita maior eficiência na transferência de calor e facilita o controle de parâmetros como pH, temperatura e oxigenação.

A imobilização de células ou enzimas representa uma alternativa para a condução de bioprocessos, com a peculiaridade de os biocatalizadores ficarem retidos para reutilização.