No processo penal comum e no processo penal militar, o recurso de embargos infringentes e de nulidade é privativo da defesa.

A pena privativa de liberdade imposta pela justiça militar da União será cumprida, necessariamente, em presídios federais. Nesse caso, a competência para julgar os incidentes no processo da execução é da justiça federal.

No processo penal militar, efetivada a citação por edital, não comparecendo o réu, nem constituindo advogado, ficarão suspensos o processo e o curso do prazo prescricional, podendo o juiz determinar a produção antecipada de provas consideradas urgentes e, se for o caso, decretar a prisão preventiva.

No CPM, há crimes em que se procede somente mediante representação.

O magistrado da justiça militar da União, com lastro no CPPM, poderá requerer diretamente à autoridade policial judiciária militar a instauração de inquérito policial militar, em analogia à requisição prevista no CPP.

O CPPM contempla tanto o procedimento padrão, chamado ordinário, quanto procedimentos especiais, como os de deserção e os de insubmissão.

Compete à justiça militar da União processar e julgar crime doloso contra a vida, praticado por militar do Exército Brasileiro contra civil, estando aquele em atividade inerente às funções institucionais das Forças Armadas.