As Pró-Reitorias serão responsáveis por implementar e desenvolver a política de ensino, assistência estudantil, inovação, gestão de pessoas e administração do IFAC, de acordo com as diretrizes homologadas pelo Conselho Superior e orientações do(a) Reitor(a).

Poderão candidatar-se ao cargo de Reitor os docentes pertencentes ao Quadro de Pessoal Ativo Permanente de qualquer dos Câmpus que integram o Instituto Federal, desde que possuam o mínimo de 5 (cinco) anos de efetivo exercício em instituição federal de educação profissional e tecnológica e que atendam a, pelo menos, um dos seguintes requisitos: I - possuir o título de doutor; ou II - estar posicionado nas Classes DIV ou DV da Carreira do Magistério do Ensino Básico, Técnico e Tecnológico, ou na Classe de Professor Associado da Carreira do Magistério Superior.

A Pró-Reitoria de Ensino é o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades e as políticas de ensino de graduação e de pós-graduação articuladas à pesquisa e à extensão.

A Pró-Reitoria de Inovação é o órgão executivo que planeja, coordena e implementa as políticas e diretrizes de assistência estudantil aos estudantes em vulnerabilidade socioeconômica, através de políticas de promoção da qualidade de vida, como elemento complementar à saúde, desenvolvendo ações de difusão de práticas culturais, políticas, esportivas e de lazer.